Le "Jura" est un terme géographique apparu au Moyen-age désignant, à l'origine, réservé à la haute chaîne du Crêt de la Neige et du Reculet, s'est généralisé à l'ensemble du relief situé entre le plateau molassique et les plateaux de Bresse et Haute-Saône. En 1829, le terme "Jura" donne son nom aux formations géologiques du Jurassique largement représentées dans le Jura.

Géographiquement, la chaîne du Jura, chaîne longue de plus de 300 kilomètres et large d'une 50ène, se situe pour sa quasi-totalité sur la frontière franco-suisse.

Géologiquement, la formation du Jura est relativement récente (moins de 10 M.a.).  Ses reliefs sont le fruit d'un plissement suite à la poussée alpine. Le bassin molassique helvétique, très épais sert de piston qui décolle les sédiments mésozoïques sous la forte contrainte de cette poussée. Les masses calcaires jurassiennes se décollent donc de leur substrat en glissant sur les épaisses couches de sel évaporitique du Trias. Le déplacement des couches est estimé entre 2 et 25 km .

Schéma structural du Jura

Le Jura se compose ainsi de trois unités distinctes:

- Le Jura plissé, représenté par la Hautes chaîne, est l'axe majeur de la chaîne, constitué d'une suite faillée de synclinaux et d'anticlinaux au relief vigoureux.

- Le Jura des Plateaux ou surface ondulée plus ou moins horizontale dont les parties rocheuses plus dures forment les Monts de la Franche-conté. Ces plateaux sont recoupés par des vallées incisées appelées reculées.

- Le Jura externes est formé par les faisceaux plissés, chevauchant souvent vers l'Ouest. Ceux-ci se rencontrent dans les régions de Lons-Le-Saunier, Besançon, Lomont.

- Encore plus sur l'extérieur, se rencontrent les derniers reliefs jurassiens dit les Avant-Monts.

Coupe transversale schématique du Jura © Académie de Lyon

Le Jura est formé pour l'essentiel par des calcaires et des marnes qui se sont déposées au cour de l'ère secondaire ou Mésozoïque entre -251 et 65 millions d'années. 

Ces sédiments se sont déposés sur le socle du Jura, formé de roches magmatiques intrusives refroidies après leur injection dans le socle. Il s'y rencontre également de très anciennes roches sédimentaires Carbonifère - Permien métamorphisées par la pression et la température suite à leurs enfouissements sous les roches Mésozoïque et Cénozoïques. Seul le Massif de la Serra, au Nord de la Dôle, permet l'observation de ces roches en majorité enfouies. Pour le reste du Jura, les forages profonds permettent de situer le socle à des profondeurs entre 2000 et 150 mètres de profondeur.